В качестве консула Цезарь провел закон о наделении солдат Помпея участками из еще не поделенных государственных земель в Италии и из земель, приобретаемых государством у частных лиц. Закон, несмотря на противодействие сенатских лидеров, не желавших способствовать усилению Помпея, не без применения насилия был проведен через народное собрание. Цезарь добился также утверждения восточных распоряжений Помпея и провел еще ряд мероприятий. Сам он получил в управление Предальпийскую Галлию и Иллирик сроком на пять лет, а также наместничество в Заальпийской Галлии.
В Галлии Цезарь пробыл девять лет. В 56 г. он, правда на короткий срок, возвращался в Италию, где в городе Луке встретился с Помпеем и Крассом. Было решено продлить Цезарю срок управления Галлией еще на пять лет, а Помпею и Крассу обеспечить избрание консулами на 55 г., после чего предоставить первому из них пятилетнее управление Испанией и Африкой, а второму — Сирией. В Галлии Цезарь с самого начала вмешался в борьбу галльских (и некоторых германских) племен и, используя соперничество между вождями, к 56 г. завоевал всю Галлию до Рейна. В 55 г. он предпринимал походы за Рейн и в Британию, а в 52-51 гг. подавил крупное восстание галльских племен под руководством Верцингеторига. Вся Галлия стала римской, но она не была объявлена провинцией: часть галльских племен считались «союзниками» Рима, другие — «покоренными». Огромная добыча и большая армия предоставляли Цезарю небывалое могущество и коренным образом меняли политическую ситуацию.
Для Красса сирийское наместничество оказалось роковым: он затеял войну с Парфией, о которой давно мечтал, вскоре был разбит и погиб (53 г.). Помпей управлял своими провинциями через легатов, оставаясь в Риме, где между тем политический кризис углублялся. На 58 г. одним из народных трибунов был избран Клодий — личный враг и политический противник Цицерона, опиравшийся в своей деятельности на городской плебс и проведший ряд законов в его пользу. Самым существенным в деятельности Клодия было создание вооруженных отрядов для воздействия на политическую жизнь. Такие же отряды вскоре были созданы его противниками, и на время отсутствия армий в Италии эти «псевдоармии», как их назвал один из современных историков, стали важнейшим орудием политической борьбы. Беспорядки в городе завершились тем, что в январе 52 г. на Аппиевой дороге случайно произошло столкновение между Клодием и его политическим соперником Милоном. Клодий был убит. Его тело было перевезено в Рим и предано сожжению в здании сената, которое сгорело. Волнения продолжались. Сенат назначил Помпея «консулом без коллеги». Помпей ввел в город войска, поддерживавшие порядок.
Триумвират распался. Помпей сблизился с сенатскими лидерами, и сенат вынес постановление о том, чтобы Цезарь сложил свои полномочия. Двое народных трибунов, пытавшиеся этому воспрепятствовать, бежали к Цезарю. Цезарь использовал ущемление прав трибунов как повод к войне.
С одним легионом Цезарь перешел границу Италии — реку Рубикон (10 января 49 г.). Основные силы Помпея находились в Испании, и он с большей частью сенаторов бежал из Рима в Грецию. Италия осталась в руках Цезаря. Никаких репрессий в Риме не было, но государственную казну Цезарь захватил. Из Рима он направился в Испанию и разбил войска Помпея (при Илерде). Вернувшись, он был провозглашен диктатором, но вскоре отплыл в Грецию, где победил Помпея при Фарсале (48 г.). Помпей бежал в Египет, где при высадке на берег был убит придворными Птолемея XIV. Спустя три дня в Александрию прибыл Цезарь. Он казнил убийц Помпея и, вмешавшись в династическую распрю, восстановил на престоле египетскую царицу Клеопатру. По пути в Рим Цезарь разгромил Фарнака, сына Митридата, который захватил было некоторые римские владения и союзные Риму царства.
Возвратившись в Рим, Цезарь провел мероприятия в интересах должников и пополнил сенат. Затем он разгромил силы помпеянцев в Африке (при Тапсе в 46 г.) и еще раз в Испании, где утвердились было сыновья Помпея. В гражданской войне Цезаря с помпеянцами провинции не были просто театром военных действий. От позиций провинциальных общин и городов зависело многое, и Цезарь делал все, чтобы привлечь их на свою сторону. При Цезаре началось широкомасштабное основание колоний в провинциях, где было расселено около 80 тыс. человек. Беспрецедентно вырос и масштаб предоставления гражданских прав за пределами Италии, а Предальпийская Галлия получила права римского гражданства для всего населения, как и город Гадес в Испании, как и Сицилия в 44 г., уже после смерти Цезаря (от Марка Антония). Начинается интенсивное развитие муниципальных городских форм в провинциях. Создается новая социальная опора Империи. Италийцы и провинциалы инкорпорируются в новый «руководящий слой», участвующий и в общеимперском управлении. Понятие «римлянин», как писал С.Л. Утченко, приобретает классовый смысл.
Для оформления своей власти Цезарь, как и Сулла, воспользовался титулом диктатора, который он принимал несколько раз, пока в 44 г. не стал пожизненным диктатором. Еще в 48 г. он получил пожизненную трибунскую власть, титул «отца отечества», титул императора вошел в состав его имени и т.д. Народные собрания фактически лишь принимали назначения Цезаря. Число магистратов было вновь увеличено. Был увеличен и реорганизован сенат. Цезарю принадлежал еще ряд реформ и законов (в том числе знаменитая реформа календаря), но наиболее существенной в его деятельности была новая политика по отношению к провинциям.