Постепенно изменялся состав армии: уменьшилось ее греко-македонское ядро в результате потерь и за счет размещения части воинов в гарнизонах завоеванных сатрапий, а ее пополнение все более осложнялось огромным расстоянием, отделявшим армию от родины. Александр все чаще прибегал к набору воинов из подчиненных местных племен (ко времени индийской кампании в состав армии входили отряды даев, согдов, бактрийцев и др.), в управлении армий возросло значение военачальников из персов и из местного населения, обязанных своим положением Александру. Вместе с этим изменилось моральное состояние армии: цели похода уже не казались столь возвышенными, усилились тенденции к грабежу и личному обогащению, упала и дисциплина; для ее поддержания приходилось прибегать к жестким мерам (например, уничтожение накопленного обозного имущества). Все это находило отражение и в настроениях ближайшего окружения царя. Вновь возник заговор против Александра, вошедший в историю как «заговор пажей», т.е. знатной молодежи, несшей охрану царя. Древние авторы связывают с этим событием также опалу и казнь придворного историографа Каллисфена, племянника Аристотеля (сочинения которого впоследствии легли в основу апологетических «Историй Александра»), и смерть Клита, одного из близких друзей Александра, убитого им во время пира. Причину всего случившегося они видели в изменении характера и взглядов Александра, в его попытках навязать восточные, варварские и деспотические обычаи и идеи «свободолюбивым» эллинам и македонянам. Но эта морализующая оценка событий отражает лишь внешнюю сторону отмеченных выше изменений в армии. Основная масса воинов и командного состава, по-видимому, продолжала поддерживать Александра, и подавление заговора пажей не повлекло за собой каких-либо изменений в структуре и управлении войском. Однако самый факт заговора заставил Александра, по словам древних авторов, отказаться от намерения ввести обычай проскинесиса (падение ниц перед царем).
Подчинив среднеазиатские сатрапии отчасти силой, отчасти привлечением на свою сторону местной знати (в этом плане можно рассматривать и брак с Роксаной, дочерью одного из бактрийских династов), Александр направился весной 327 г. на юг, в Индию, о богатстве которой рассказывались легенды, и потому этот поход не встретил оппозиции в армии. Индийская кампания также длилась около двух лет. В результате сражений и с помощью мирных переговоров Александр подчинил западные царства, расположенные в Пятиречье (по притокам Инда). После победы над Пором, правителем наиболее сильного из них, македонская армия вышла к Гифасису — восточному притоку Инда, откуда открывался путь в Восточную Индию, в долину Ганга, о чем греки узнали лишь впервые. Согласно античной традиции, Александр, одержимый идеей подчинить всю ойкумену, был намерен продолжить поход, но армия, утомленная битвами и переходами в непривычных условиях, отказалась от дальнейшего движения на восток. Среди солдат начались волнения; созванное Александром совещание военачальников также высказалось за возвращение на родину.
Но и обратный путь оказался нелегким. По рекам — на судах и по берегу — армия спустилась к морю, подчиняя по пути города и крепости народов, живших по побережью Инда (в одной из этих экспедиций Александр едва не погиб). От устья Инда часть армии под командованием Неарха отправилась морем к устью Евфрата и Тигра, другую часть Александр повел по побережью Индийского моря через безводные районы Гедрозии, а еще одна часть — македонская пехота и слоны — еще задолго до прибытия к морю была отправлена во главе с Кратером через Арахозию и Дрангиану, по-видимому, по одному из известных в то время караванных путей. В начале 324 г. флот Неарха вошел в устье Тигра, а войска, отправившиеся сухопутным путем, прибыли в Сузы. Здесь было торжественно отпраздновано завершение похода. При этом, очевидно, в знак образования новой, македоно-персидской державы были отпразднованы свадьбы Александра, его военачальников и воинов с женщинами покоренных народов.
Теперь на первое место перед Александром и его «друзьями» выдвинулась задача организации управления этой державой. Во время похода Александр поручал управление завоеванными областями (сохраняя в основном прежнее административное деление) стратегам — командирам гарнизонов и сатрапам, которых он выбирал из числа «друзей» или перешедших на его сторону персидских вельмож; для сбора податей иногда назначались специальные лица. Однако многие из сатрапов и начальников гарнизонов или оказались неблагонадежными, или своими хищениями и вымогательством вызывали недовольство местного населения, или просто не справились со своими обязанностями. Не меняя сложившейся системы управления, Александр смещал и казнил провинившихся и заменял их новыми.
Сразу же по возвращении из похода встал вопрос о реорганизации армии. Александр объявил о роспуске и отправке на родину значительной части ветеранов из македонской пехоты и конницы, предполагая пополнить фалангу и гетайров воинами из восточных сатрапий, обученных македонскому военному искусству. Однако это вызвало возмущение в армии, стоявшей в это время в Описе; конфликт был урегулирован взаимными уступками: ветераны, щедро награжденные Александром, под командованием Кратера, который должен был сменить Антипатра, направлялись в Македонию, а Антипатр должен был привести пополнение для македонских частей. В полках из обученных по-македонски туземных воинов в каждом подразделении македонянам предоставлялись командные должности и повышенное жалованье. Примирение с ветеранами закончилось грандиозным пиром, на котором, по словам Арриана (VII, 11, 9), совершались возлияния и молились «о согласии и единении царств македонского и персидского».