Сокращение торговой деятельности и ухудшение взаимоотношений со скифами способствовали включению Ольвии в державу Митридата VI. На рубеже II-I вв. до н.э. там находился гарнизон понтийских войск (IOSPE I, 35). Зависимость Ольвии от Митридата особенно усилилась после войн понтийских полководцев Диофанта и Неоптолема со скифами в начале I в. до н.э. Но подчинялась Ольвия Митридату, очевидно, только до конца 70-х годов I в. до н.э., когда влияние там понтийского царя ослабело. В 48 г. до н.э., лишенный внешней защиты, город оказался жертвой агрессивной политики гетского царя Буребисты и был полностью разрушен.
Сходные процессы социально-экономической и политической истории переживал Херсонес Таврический. Этот город имел обширные контакты с различными причерноморскими и средиземноморскими центрами: Родосом, Афинами, Косом, Гераклеей Понтийской, Синопой, Фасосом, Истрией, Ольвией, Тирой и др. Благосостояние города зависело от использования сельскохозяйственной территории на Гераклейском полуострове, где были размежеваны участки его граждан, а также в Северо-Западном Крыму, откуда в город поступал хлеб и где, так же как и в окрестностях Херсонеса, выращивали виноград. К III в. до н.э. Херсонес владел довольно обширной территорией в Северо-Западном Крыму с городами Керкинитидой и Калос Лименом. Главным его доходом с этой территории был хлеб. К тому же плодородные херсонесские земли непосредственно примыкали к основному ядру Скифской державы — крымской столице Неаполю и крупным скифским городам — Хабеям, Напиту, Палакию и др. Это способствовало устремлению скифов захватить в первую очередь укрепления херсонесцев в Северо-Западной Тавриде. После того как на рубеже первой — второй четверти III в. до н.э. скифы предприняли нападение на херсонесские владения к северу от Калос Лимена и уничтожили часть неукрепленных поселений этого района, херсонесцы провели реконструкцию подвластных им крепостей. Одни поселения, прежде лишенные укреплений, были обнесены оборонительными сооружениями, другие увеличены в размерах, третьи выстроены заново как укрепленные усадьбы. Изменился и хозяйственный профиль усадеб, поскольку повысилось значение виноградарства. На протяжении III — первой половины II в. до н.э. на всех без исключения усадьбах Северо-Западного Крыма и Гераклейского полуострова велись дополнительные фортификационные работы в связи с возросшей скифской опасностью.
С реорганизацией аграрной территории связана продажа и перераспределение земельных участков. Весьма значительные размеры участков и довольно большие цены за них говорят о том, что в городе для полноправных граждан мог быть установлен высокий имущественный ценз. Эпиграфические находки показывают, что к концу III в. до н.э. скифы все чаще стали появляться в ближайших окрестностях города (IosPE, I, 343; 346). В этих условиях херсонесцы сблизились с сарматами, роксоланами, которые враждовали со скифами. Сарматы пришли на выручку Херсонесу и вернули ему отобранную скифами территорию (Роlyaen, VIII, 56). Союз с сарматами получил международное юридическое оформление в 179 г. до н.э., когда с ведома римлян в число участников мирного договора с понтийским царем Фарнаком I были включены херсонесцы и сарматский династ Гатал (Полибий, XXV, 12-14). Как следствие этого события город заключил двусторонний договор с понтийским царем, согласно которому стороны обязывались помогать друг другу в случае нападения противника (IosPE, I, 402). В договоре был специально предусмотрен пункт о том, что Фарнак I обязывался оказать помощь при нападении или угрозе со стороны скифов полису и подвластной ему территории. Вообще в III-II вв. Херсонес был крайне заинтересован в поисках союзников в начинавшейся борьбе со скифами. Он установил прочные отношения с Делосом, Дельфами, Боспором, Родосом, Понтийским царством и его столицей Синопой. К этому времени относятся первые контакты с Римом.
Несмотря на все усилия херсонесцев, давление на их хлебородные земли в Северо-Западном Крыму со стороны скифов не ослабевало. К середине II в. до н.э. вся аграрная территория в этом районе перешла под их контроль. На месте бывших херсонесских укреплений возникли скифские поселения и крепости. К концу II в. до н.э. погибают сельскохозяйственные усадьбы на прилегающих к городу землях Гераклейского полуострова. Внешняя угроза сочеталась с неустойчивым внутренним положением. Из начальных строк декрета в честь ольвийского гражданина Никерата можно понять, что Херсонес был раздираем ожесточенной внутренней социальной борьбой, вспыхнувшей между широкими слоями граждан и сторонниками олигархии или тирании. Такое положение было в порядке вещей почти для всех припонтийских полисов, ибо нехватка продовольствия в сочетании с внешней угрозой приводили к обнищанию демоса и увеличению богатства представителей зажиточной верхушки.
В такой ситуации пришедшая к власти политическая группировка искала помощи на стороне у соседнего Боспора и Понтийского царства. Херсонесцы стремились укреплять связи с боспорскими царями для того, чтобы последние воздействовали на дружественных им скифских династов и добились от них прекращения экспансии против Херсонеса. Когда стало очевидно, что достичь этого не удастся, Херсонес пошел на сближение с понтийскими царями, к херсонесцам было отправлено посольство Митридата VI Евпатора. В его задачу входило обговорить условия для заключения нового договора о предоставлении помощи в борьбе со Скифским царством (Страбон, VII, 4, 3; 4). Когда в 110 г. до н.э. скифы оказались совсем близко от города, в Крыму в соответствии с достигнутыми договоренностями появилось понтийское войско во главе с Диофаятом, стратегом Митридата. В ходе войн со скифами, длившихся в течение трех лет, в которых самое деятельное участие принимали и херсонесцы, были взяты царские крепости скифов и их столица Неаполь, освобождена херсонесская аграрная территория в Северо-Западном Крыму вместе с городами Керкинидой и Калос Лименом и разбиты союзники скифов — сарматское племя роксоланов. В Скифии были расквартированы понтийские гарнизоны, а сыновья Скилура, который совместно со старшим сыном Палаком воевал против Митридата, были лишены права на власть над Скифией. Только под давлением Рима Митридат пошел на некоторые уступки, вернув часть владений наследникам Скилура, но и то, назначив в качестве наместников, вероятно, преданных ему людей. За ощутимую помощь в войнах Диофанта Херсонес получил широкие права автономии в рамках созданной Евпатором Причерноморской державы. Об этом свидетельствует некоторое оживление на рубеже II-I вв. до н.э. хозяйственной деятельности усадеб на Гераклейском полуострове и непрекращавшийся процесс чеканки монеты. Город отпал от Митридата только в 60-х годах I в. до н.э., когда почти все греческие города Северного Причерноморья перешли на сторону римлян.