Тем временем Дарий стянул основные силы к границе Киликии и Сирии. Битва произошла осенью 333 г. в узкой долине возле города Исса, где персы не могли использовать свое огромное численное превосходство. Войска Дария были разбиты и рассеяны, сам он бежал за Евфрат, а обоз и его семья были захвачены македонянами.
Это поражение персов имело огромный политический и моральный резонанс. Возросла уверенность греко-македонской армии в своих силах и возможностях, вера в своих предводителей. Дарий, по сообщениям древних авторов, вынужден был обратиться к Александру с предложением о мирных переговорах. В ответ Александр направил письмо, текст которого явился своего рода манифестом, рассчитанным на обнародование его среди греко-македонского войска и, возможно, на подвластной территории в Азии и Греции [если только Арриан (II, 14, 4-9) точно передает его содержание]. Выступая как победоносный предводитель эллинов, Александр перечисляет прежние обиды, нанесенные персами Элладе и Македонии, обвиняет Дария в том, что он посылал эллинам письма, призывая их к войне с царем Македонии, отправлял им деньги (но ни один город их не принял, кроме лакедемонян), что послы персов подкупами постарались разрушить мир в Элладе. Далее он говорит о своих победах и праве на завоеванную территорию, требуя от Дария безоговорочного подчинения.
В интересах Александра было распространить как можно шире и быстрее известие о поражении персов при Иссе, особенно важно было, чтобы об этом узнали греческие полисы, так как успехи персидского флота в Эгейском море делали македонский тыл неустойчивым и Александр, видимо, уже был осведомлен о сношениях спартанского царя Агиса III с персами. Поскольку основную часть персидских морских сил составляли кипрский и финикийский флот, то первоочередной задачей стало подчинение восточного побережья Средиземного моря с тем, чтобы заставить киприотов и финикийцев отколоться от персов и перейти на сторону Александра, после того как Финикия окажется под властью македонян. Эта стратегическая задача четко сформулирована в приводимой Аррианом (II, 17) речи Александра на совете «друзей» и военачальников перед осадой Тира. Не тратя времени на преследование Дария и его рассеявшихся войск, Александр двинулся в Финикию. Города Арад, Мараф, Библ, Сидон и Дамаск сдались без сопротивления, в Дамаске была захвачена царская казна и прочее имущество Дария и его приближенных, а также прибывшие к Дарию для переговоров послы из Спарты, Фив и Афин. Уже через два месяца после битвы при Иссе греко-македонская армия подошла к Тиру — крупнейшему и наиболее укрепленному из финикийских городов. Тирийцы, надеясь на неприступность своей крепости, расположенной на острове, и стремясь сохранить нейтралитет в войне между Персией и Македонией, не открывая военных действий, отказались впустить Александра внутрь города для жертвоприношения. Македоняне расценили это как враждебный акт и начали осаду города.
Взять островной город, не имея флота, едва ли было возможно, хотя Александр и предпринял небывалое для того времени сооружение — постройку дамбы от материка к острову через пролив шириной в 4 стадия (около 740 м). Но, как и рассчитывал Александр, военные корабли Сидона, Арада, Библа, узнав о подчинении своих городов македонянами, покинули персидскую флотилию и перешли под власть Александра (80 судов), а вскоре присоединились к нему и 120 кораблей киприотов. Объединенными усилиями пехотных частей и флота после семимесячной осады Тир был взят и разграблен, большая часть населения истреблена или продана в рабство. Потери греко-македонских войск тоже были значительны.
Затянувшаяся осада Тира осложнила положение в тылу у македонской армии. Собрав остатки воинских частей, рассеявшихся после поражения при Иссе во внутренних районах Малой Азии, уцелевшие военачальники Дария попытались вернуть под власть персов Лидию, очевидно, рассчитывая выйти к побережью и соединиться с персидским флотом, продолжавшим удерживать под своей властью ряд островов в Эгейском море. Но Антигону, оставленному сатрапом Фригии, удалось разбить персов и ликвидировать эту угрозу. Еще более опасная ситуация для македонян возникла в это время в Греции: Спарта, не участвовавшая в Коринфском конгрессе и в восточном походе Александра, попыталась поднять греческие полисы против Македонии и восстановить свое влияние в Греции, возглавив антимакедонское движение. Так как выступление Спарты было на руку персам, не исключено, что в какой-то мере они его инспирировали. Спартанский царь Агис III обратился к командованию персидским флотом с просьбой о военной помощи в тот момент, когда персы заняли остров Сифнос, ближайшую к Пелопоннесу удобную гавань на Кикладах. Агис, получив от персов 10 триер и 30 талантов денег, отправился на Крит, один из главных районов вербовки наемников, и, как пишет Диодор (XVII, 48, 2), «захватив большинство городов, принудил их принять персидскую сторону».
Однако переход финикийского и кипрского флотов на сторону Александра резко ослабил позиции персов в Эгейском море. На севере Эгеиды греко-македонский флот при поддержке враждебных персам демократических слоев изгнал персидские гарнизоны с Тенедоса, Хиоса, из городов Лесбоса, с Коса и других островов. Персидская эскадра у о. Сифноса также была разбита. Таким образом, к концу 332 — началу 331 г. в Эгеиде была восстановлена македонская гегемония.
Александр в это время со своим сухопутным войском двигался к Египту. Сопротивление ему оказала лишь Газа, важный пункт караванной торговли между Месопотамией и Египтом, Южной Аравией и Средиземным морем; осада считавшейся неприступной и имевшей значительный гарнизон крепости длилась два месяца. После ее падения сатрап Египта Мазака, не имея прочного тыла в стране и достаточных сил для обороны, без боя сдался Александру. От пограничной крепости Пелусия греко-македонское войско направилось к древней египетской столице Мемфису. Здесь Александр принес жертвы египетским богам в знак уважения к местным традициям, а затем с частью войска спустился в дельту Нила по одному из его рукавов и на побережье между озером Мареотида и морем выбрал место для строительства нового города и порта — Александрии Египетской.